Depuis 1982, Les deux régions Nouvelle-Aquitaine et Euskadi collaborent au sein de la Communauté de Travail des Pyrénées qui gère actuellement un programme européen transfrontalier : le POCTEFA. En 2004, l’outil PLAE (la Plateforme Logistique Aquitaine-Euskadi) a été créé sous forme d’un Groupement Européen d’Intérêt Économique (G. E. I. E.). Son siège est à San-Sébastien.
En 2009, les deux présidents de régions on fait une déclaration commune en vue de créer l’Eurorégion « Aquitaine-Euskadi » sous la forme d’un Groupement Européen de Coopération Territoriale (GECT). Celle-ci nait en 2011 dans le cadre du Règlement Européen (CE) nº 1082/2006. Son siège est à Hendaye. En 2014, L’Assemblée de l’Eurorégion « Nouvelle-Aquitaine-Euskadi-Navarre » a approuvé un plan stratégique qui définit quatre priorités de travail pour la période 2014-2020 :
- Citoyenneté eurorégionale
- Économie de la connaissance
- Territoire durable
- Gouvernance ouverte